| 消化器或称沼气发酵的核心设备，微生物的繁殖，有机物的分解转化，沼气的生成都是在消化器里进行的，因此消化器的结构和运行情况是一个沼气工程设计的重点。
消化器的工艺类型，根据消化器水力滞留期（HRT）、固体滞留期（SRT）和微生物滞留期（MRT）相关性的不同，分为三大类（见下表）。在一定HRT条件下，设法延长SRT和MRT，并使微生物与原料充分混合，是厌氧消化器科技水平提高的主要方向。
类型
滞留期特征
消化器举例
常规型
MRT=SRT=HRT
常规消化器、连续搅拌罐、塞流式
污泥滞留型
（MRT和SRT）>HRT
厌氧接触、UASB、USR、折流式IC
附着膜型
MRT>(SRT和HRT)
厌氧滤器、流化床、脚胀床
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